Armatureによってアニメーションをつけるのではなく、オブジェクト内の1つ1つのVertexを動かしてアニメーションを作ることができます。これをRelative Vertex Key(RVK)と呼ばれていますが、Blender 2.41からはShape Keyという呼び方も同義語として使われています。
ここではShape Keyによりアニメーションを作成する方法を説明します。そして、そのアニメーションを制御する方法としてIPO Driverを用います。
まずオブジェクトを作ります。画面上に平面(Plane)を作成してください。そして、「W」キー→「Subdivide」を選択し、下図のようにします。

ボタンウィンドウの「Editing」ボタンを押し、「Shape」パネルを表示させます。

「Tab」キーを押して、一旦オブジェクトモードにします。 そして、「Add Shape Key」ボタンを押すと、右側の図のように「Basis」という名前のKeyが設定されました。このShape Keyはアニメーションをさせるときの基点になります。

(1) 次のShape Keyを設定します。「Tab」キーを押して、エディットモードにし、好きな形にVertexを変形してください。

(2) 「Shape」パネルの「Add ShapeKey」ボタンを押します。すると、下図のように「Key 1」という名前の新たなShape Keyが作成されました。

先ほどのBasisというKeyの形から、今回設定したKey 1の形まで形を変えるときの影響度を設定します。 「Shape」パネルの数値が書かれているスライダを右へ動かし、「1」にします。これは変形が100%なされることを意味します。この値を0.5にすると、50%、つまり、Key 1で設定した形とBasisの形の中間の形までしか変形しないことを意味します。

「Tab」キーを押して、オブジェクトモードにします。 「Shape」パネルの矢印ボタンを押してみてください。BasisとKey 1に合わせて画面上の立方体が設定した形に変形するはずです。

これらShape Keyを画面上で操作できるようにする方法としてIPO Driverがあります。 以前のバージョンまではIPO Curveウィンドウにて操作していたのですが、Blender 2.41からはIPO Driverという機能で操作できるようになりました。 簡単にいうと、画面上の別のオブジェクトあるいはArmatureをコントローラとしてShape Key間の変形を制御します。 ここでは、オブジェクトを用いた方法を説明しますが、Armatureの場合もやり方は同じです。
画面上に新たなオブジェクトを作成します。何でも構いませんが、ここでは平面にしています。

Keyを設定したオブジェクトを選択してから、IPO Curve Editorを表示させます。 ここで、画面を複数に分割していない場合は画面を分割してください(チュートリアル:ウィンドウ操作を参照のこと)。
これは、単に操作性のためであり、以下の手順を1画面で行っても問題ありません。

(1) IPO Curve Editor画面上で「N」キーを押します。すると、以下のパネルが表示されます。

(2)「Add Driver」ボタンを押します。

(3) 表示された「OB:」という部分にIPO Driverにするオブジェクトの名前を入力します。 もう1つの画面上で、IPO Driverにするオブジェクトを選択し、その「Link and Material」パネルのオブジェクト名のところにカーソルを持って行きます。マウスが重なるとボックスの色が微妙に変化するはずです。その状態で「Ctrl+C」キーを押してオブジェクト名をコピーします。

(4) 再びKeyを設定した方のオブジェクトを選択し、そのオブジェクトのIPO Curveを表示させます。そして、先ほどのOBボックス内にマウスを持っていき、「Ctrl+V」キーでペーストします。

(5) 「I」キーを押して、表示されたメニューの「Default one-to-one mapping」を選択します。すると、右図のようなカーブが設定されます。

3D window画面上のIPO Driverに設定したオブジェクトを選択し、「G」キーで動かしてみてください。その動きに合わせて、もう一方のオブジェクトが変形しているはずです。

この動きはIPO DriverのX軸方向の動きに連動しています。 この連動する方向の設定は下図のプルダウンメニューから選択することができます。

また、IPO DriverをX軸に沿って動かし続けると、変形が止まることなしに変形し続けることが分かります。これは、Step 3 (5)で設定したカーブの形が永久に増加するようになっているからです。IPOカーブの形を変更することで、変形の上下限や変形速度を編集することができます(チュートリアル:IPOウィンドウを参照のこと)。以下はサンプルです。

IPO Driverを動かしていて分かったと思いますが、変形に影響のある方向はここではX軸方向だけでした、にもかかわらずIPO DriverはX軸方向以外にも動かせてしまいます。そこで、動かせる方向をX軸方向のみに限定させます。
(1) 3D window画面でIPO Driverを選択して、「N」キーを押します。
(2) 表示されたパネルの「LocX」以外のすべてをロックします(下図のようにします)。

これで何をやっても、IPO DriverはX軸方向にしか動かせなくなりました。
実はStep 7からStep11までの操作を簡単にできるスクリプトがBlenderには搭載されています。「最初からそっちを書け!」と言われそうですが、遠回りして理解できることもあると思います。 スクリプトによるやり方は、こちらのチュートリアル(Shape Widget Wizard)を参照してください。